Tout puissant microbiote !

🇺🇸 États-Unis

Antibio à tête chercheuse

Un antibiotique sans pitié avec les bactéries mortelles mais clément avec le microbiote intestinal ? C’est l’espoir suscité par des chercheurs de l’Université de l’Illinois (États-Unis) qui publient dans Nature le 29 mai 2024. Cauchemar des médecins, les infections causées par des bactéries à Gram négatif sont de plus en plus fréquentes et nécessitent des antibiotiques à large spectre entraînant une perturbation du microbiome intestinal et une susceptibilité aux infections secondaires. Il existe donc « un besoin critique d’antibiotiques sélectifs à la fois pour les bactéries à Gram négatif par rapport aux bactéries à Gram positif, ainsi que pour les bactéries pathogènes par rapport aux bactéries commensales », notent les auteurs. Or, ils ont découvert un antibiotique spécifique aux bactéries à Gram négatif ciblant le système de transport des lipoprotéines : la lolamicine. Celle-ci « est active contre un panel de plus de 130 isolats cliniques multirésistants, montre une efficacité dans plusieurs modèles murins de pneumonie aiguë et d’infection par septicémie, et épargne le microbiote intestinal de la souris, prévenant l’infection secondaire par Clostridioides difficile ». Les souris infectées ont survécu après avoir reçu de la lolamicine, quand près de 90 % de celles n’en ayant pas bénéficié ont péri dans les trois jours.

🇺🇸 États-Unis

Désarmer le cholestérol

Les preuves s’accumulent pour suggérer que le microbiote intestinal affecte les taux de cholestérol. Une équipe du Massachusetts General Hospital de Boston et du Broad Institute du MIT et Harvard (États-Unis), qui publie dans Cell le 11 avril 2024, a ainsi identifié certaines bactéries intestinales humaines capables de convertir le cholestérol qui obstrue les artères en une forme beaucoup plus inoffensive. Dans une précédente étude, l’équipe avait mis au jour une enzyme bactérienne nommée ismA, capable de convertir le cholestérol en coprostanol, un lipide excrété par l’organisme au lieu d’être absorbé. De fait, les personnes dont les bactéries intestinales produisent cette enzyme en quantité suffisante ont un taux de cholestérol sanguin inférieur aux autres. Mais restait encore à déterminer quelles bactéries la généraient. C’est chose faite avec la nouvelle étude, pour laquelle les auteurs ont analysé les génomes microbiens intestinaux dans des échantillons de selles de 1 429 participants à l’étude cardiaque de Framingham. Ils ont ainsi découvert que plusieurs espèces d’Oscillibacter étaient corrélées à des taux de cholestérol plus faibles chez l’homme et démontré en laboratoire que ces espèces peuvent métaboliser le cholestérol. S’il s’avère que ces bactéries peuvent influer directement sur le cholestérol sanguin chez l’homme, les acheminer directement au bon endroit dans l’intestin pourrait augurer de nouvelles pistes de traitement.

🇺🇸 États-Unis

Diagnostiquer l’endométriose dans les selles

L’endométriose affecte environ 10 % des femmes de 15 à 49 ans. Des chercheurs du Baylor College of Medicine de Houston et de l’École de médecine de l’Université de Washington (États-Unis), qui publient dans Cell Death Discovery le 25 janvier 2023, laissent entrevoir la possibilité de la détecter par un simple test de selles. Cherchant un éventuel rôle causal du microbiote intestinal sur l’endométriose, les chercheurs ont créé un modèle de souris au microbiote appauvri par antibiotiques et constaté qu’elles présentaient une croissance réduite des lésions d’endométriose. Mais lorsqu’on leur transplantait des matières fécales provenant de souris atteintes, la croissance des lésions était restaurée. Ils ont ainsi montré que « le microbiote intestinal module les populations de cellules immunitaires dans le péritoine des souris porteuses de lésions [et] trouvé une nouvelle signature de métabolites dérivés du microbiote qui étaient significativement altérés dans les fèces des souris atteintes d’endométriose ». Ces données, qui suggèrent que le microbiote intestinal contribue, selon son état, à la croissance des lésions chez la souris, laissent entrevoir la possibilité future d’un dépistage de l’endométriose via les selles, donc moins invasif et coûteux que celui actuellement mis en place.

🇮🇹 Italie

Le microbiote du coloc’

La transmission mère-enfant du microbiote est bien connue. Mais des chercheurs italiens (université de Trente) et leurs collègues européens, sud-américains, africains et chinois ont montré, le 18 janvier 2023, dans Nature, que des échanges avaient bel et bien lieu avec nos colocataires mais aussi nos amis, voire nos voisins ! Les auteurs ont effectué un profilage informatique du microbiote de 9 700 individus et « détecté un partage étendu de souches bactériennes entre individus (plus de 10 millions) avec des schémas de transmission mère-enfant, intra-ménage et intra-population distincts ». Ils ont montré que la moitié des souches retrouvées dans les intestins des nourrissons étaient partagée avec les mères et que ce « kit de démarrage microbien maternel » restait détectable à des âges avancés. Mais si cet héritage maternel, que l’on pourrait qualifier de vertical, vaut surtout pour le microbiote intestinal, la transmission du microbiote oral, elle, « s’est faite en grande partie horizontalement et a été favorisée par la durée de la cohabitation », notent-ils. « Le partage des souches entre les individus cohabitant est important, avec des taux médians de partage de 12 % et 32 % pour les microbiotes intestinaux et buccaux. » Ainsi, les personnes vivant ensemble, quelle que soit leur relation, tendent à présenter les mêmes souches dans la bouche. Et plus la cohabitation est longue, plus les microbiotes des « colocs’ » se ressemblent. Cette générosité ne s’arrête pas là : les habitants d’une même commune partagent plus de souches entre eux qu’avec les habitants du village voisin.

🇫🇷 France

Bactéries sociales

De plus en plus d’études montrent que la composition du microbiote intestinal joue sur le comportement socio-affectif. Ainsi, des souris élevées dans un environnement stérile peinent à interagir. Si ces recherches sont surtout menées chez l’animal et ne peuvent être extrapolées à l’homme, des chercheurs de l’Institut du Cerveau (ICM), Sorbonne-Université et Insead (France) et de l’Université de Bonn (Allemagne), qui publient le 14 mai 2024 dans PNAS Nexus, ont voulu savoir comment le microbiote influence les compétences sociales humaines. Sur 101 hommes recrutés, 51 ont pris des probiotiques et prébiotiques et 50 un placebo pendant 7 semaines. Le protocole consistait à les faire participer, avant et après la supplémentation, au « jeu de l’ultimatum » mesurant la sensibilité à l’injustice : une somme d’argent est attribuée à un joueur qui doit la partager (équitablement ou non) avec un autre en laissant ce dernier libre de décliner l’offre s’il la jugeait insuffisante. Résultat : le groupe supplémenté était bien plus enclin à rejeter les offres inégalitaires. « Cela tendrait à montrer que la modification du microbiote intestinal a rendu les participants moins rationnels et plus humains, plus sensibles aux considérations sociales », notent les auteurs. Et « ce changement dans la prise de décision sociale était lié à des changements dans les niveaux sériques à jeun de la tyrosine, un précurseur de la dopamine ». Conclusion : « Les données suggèrent que l’écosystème intestinal communique avec le système nerveux central grâce à différents canaux, dont le nerf vague. Il utilise aussi des signaux biochimiques qui déclenchent la libération de neurotransmetteurs comme la dopamine et la sérotonine, essentiels au bon fonctionnement du cerveau. »